Καλησπέρα. Δεν είμαι σίγουρος ότι κατάλαβα τί ακριβώς έχεις κάνει, αλλά: κάθε φορά που δημιουργείς τα διαμερίσματα (partitions) στη κάρτα τα προηγούμενα χάνονται. Θα μπορούσες να ελέγξεις τα διαμερίσματα της κάρτας σου σίγουρα σε linux και ίσως στο "disk managment" των εργαλείων διαχείρισης των windows. Απ' ότι έχω καταλάβει η γενική ιδέα είναι να μην έχεις διαμέρισμα για swap, παρά μόνο αν έχεις αρκετά γρήγορη κάρτα.
Το wipe data δεν καταστρέφει το διαμέρισμα, απλώς το αδειάζει, οπότε δεν χρειάζεται να το δημιουργήσεις ξανά.
Όσον αφορά τα updates δεν κατάλαβα τί εννοείς. Η διαδικασία είναι η εξής. Εγκαθιστάς τη rom μεσω odin. Μετά κατεβάζεις το αρχείο update της 9.6 και το βάζεις κάπου στην κάρτα σου, πηγαίνεις στο cwm recovery και το εγκαθιστάς, τέλος. Από εκεί και πέρα το wipe data δεν απεγκαθιστά το update.
Τέλος, για τη χρήση του διαμερίσματος από τις εφαρμογές. Εξαρτάται από τον kernel που χρησιμοποιείς. Αν έχεις τον default της rom (g3mod δηλαδή) πρέπει να βάλεις κάποια αρχεία (τα δίνει ο Κύριλλος στη σελίδα της rom) στη κάρτα σου. Παρ' όλ' αυτά νομίζω ότι το πιο εύκολο είναι να εγκαταστήσεις την εφαρμογή kmapp και να "ενεργοποιήσεις" με αυτή το διαμέρισμά σου.